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《意见》分阶段列出了2011年和2015年四大体系建设的目标：一是进一步完善公共卫生服务体系；二是进一步健全医疗卫生服务体系，保证各区至少有一家三级综合医院，引导居民“小病”到社区，构建合理的群众就医模式；三是加快建设医疗保障体系，完善覆盖全市常住居民的多层次医疗保障体系；四是建立健全药品供应保障体系，所有零售药店和医疗机构均应配备和销售国家基本药物，基本药物全部纳入基本医疗保障药品报销目录。
《意见》要求到2011年实现医疗保障体系覆盖全市常住居民，国家基本药物制度和基本公共卫生服务项目得到全面落实，居民医药费用负担明显减轻，基本解决群众“看病难、看病贵”的问题。到2015年，实现建立较高水平的基本医疗保障体系，实现人人享有优质的基本医疗卫生服务，全面提高人民群众健康水平。
深港建公共卫生联席会议制度
《意见》中提出要健全以专业公共卫生服务机构为核心、以基层医疗卫生服务机构为网底的公共卫生服务网络。
在国家基本公共卫生服务项目的基础上，结合我市突出的公共卫生问题逐步增加服务内容。以社区卫生机构为平台，全面落实社区公共卫生服务标准。剥离疾病预防控制、慢病防治和职业病防治机构非专病专防所需的临床医疗服务，把公共卫生工作的核心向保障居民健康安全、疾病预防、应急处理、灾害救助、健康促进和公共卫生资源储备等方面转移。
由于深圳毗邻香港，所以在《意见》里也特别提到了要建立由我市卫生、农林渔业和深圳检验检疫部门及香港有关机构参与的深港公共卫生联席会议制度，协调深港两地重大的跨境公共卫生问题。
医院专家定期到社康中心工作
我市卫生事业在“十一五”期间重点实施了“一大一小”的发展战略，一方面要通过健全社区卫生服务体系满足居民日常“治小病”的需要，另一方面要通过在各区合理安排市级综合性医院，来实现市民对优良卫生资源的需求，实现“大病不出深圳”的目标。《意见》也再次明确了这一发展战略。
一是规划引导卫生资源均衡布局，合理控制公立医院的总量，保证各区至少有一家按三级医院标准建设的综合医院。二是在各区均衡布局社区卫生机构。市级财政性经费举办的医疗机构不再举办社区卫生机构，把现有社区卫生机构全部移交给属地区政府管理。三是我市实行的是“双向转诊”的社区首诊制度，市民有病先到社康中心就诊，如果社康中心无法接诊的再转入大医院就诊，而在大医院出院后还需要康复等跟踪服务的病人，再转回社康中心继续跟踪。另外，有些市民不愿到社康中心看病是觉得那里缺少专家，《意见》也特别提出健全医院专家定期到社康中心工作的制度，同时增加社康中心节假日和晚间的工作时间，实行“弹性工作时间制”。
五大措施扶持中医药
作为中华民族传统文化瑰宝的中医药文化，在“新医改”中被放到了显著的位置，提出我市要“充分发挥中医预防保健特色优势，将中医服务纳入公共卫生服务项目”。
政府部门推出5项措施大力扶持中医药事业发展：鼓励西医医疗机构开设中医特色专科；鼓励社会资源开办中医机构，推进中医坐堂医诊所的设置改革；推进中医药服务进社区，提高社区卫生机构中医服务供给能力；鼓励中医医疗机构开发中药制剂，建设中药制剂中心；将取得国家定点企业生产中药配方颗粒和制剂批准文号的院内中药制剂，以及针灸、推拿等中医特色治疗项目纳入社会医疗保险基金的支付范围。
建立异地就医结算机制
《意见》指出，我市医疗保障体系要覆盖全市常住居民，引导市民自觉参加不同层次医疗保险，特别是非公有制经济组织从业人员、灵活就业人员和农民工；要提高基本医保最高支付限额和医疗保险偿付标准，减轻常住居民的医药费用负担。
至于曾引起关注的医保基金结余过高的问题，《意见》中也提到了要通过提高保障水平等办法把结余逐步降到合理水平，合理控制医保基金的年度结余和累计结余。
深圳是一个外来人口为主的城市，近年来，深圳的首批建设者纷纷到了退休年龄，他们很多选择回到家乡养老。针对这个问题，《意见》也指出要建立异地就医结算机制，探索异地安置的退休人员就地就医、就地结算办法，还要制定医保关系转移续接办法，解决农民工等流动就业人员医保关系跨制度、跨地区转移续接问题。
《意见》还提出在保障医保安全和有效监管的前提下，积极探索以政府购买医疗保障服务的方式，委托具有资质的商业保险机构经办各类医疗保障管理服务。
针对困难家庭和困难群众，《意见》也提出要发挥医疗救助专项资金的作用，提高对经济困难家庭成员自付医疗费用的补助标准。
另外，《意见》提出改革公立医院管理体制，建立以医院管理委员会为核心的公立医院法人治理结构，实现“政事分开、管办分开”；开展职业医师多点执业试点；建立医疗纠纷第三方调处机制等。
方案解读：完善四大体系
一、公共卫生服务体系
建深港公共卫生联席会议制度
明确要剥离疾病预防控制、慢病防治和职业病防治机构非专病专防所需的临床医疗业务，把公共卫生工作的核心向保障居民健康安全、疾病预防、应急处理、灾害救助、健康促进和公共卫生资源储备等方面转移。此外还将建立深港公共卫生联席会议制度，协调深港两地重大的跨境公共卫生问题。
二、医疗卫生服务体系
各区至少一家三级标准医院
新医改方案要求卫生事业“一大一小”战略加快实施，合理控制公立医院的总量的同时，同步发展区域医疗中心和基层医疗卫生机构。在城市规划各组团合理设置综合性医院和专科医院，保证各区至少有一家按三级医院标准建设的综合医院。
三、医疗保障体系
建立异地就医结算机制
新医改方案提出逐步缩小各类参保群体的医疗保障水平差距，逐步提高基本医疗保险最高支付限额和医疗保险偿付标准，减轻居民大病费用负担。深圳将探索建立异地就医结算机制，探索异地安置的退休人员就地就医、就地结算办法。制定基本医疗保险关系转移接续办法，解决农民工等流动就业人员基本医疗保障关系跨制度、跨地区转移接续问题。
四、药品供应保障体系
患者可凭处方到药店买药
新医改方案要求，所有零售药店和医疗机构均应配备和销售国家基本药物，满足群众用药需要。从今年起，政府举办的一级医院、独立门诊部和社区卫生机构应当全部配备和使用基本药物，其他各类医疗机构也应当按规定使用基本药物。允许患者凭处方到零售药店购买药物。
方案解读：创新十大体制机制
1、卫生行政管理体制：行政部门不办公立医院
今后卫生行政部门将不再直接举办公立医院。新医改将探索公立医院的所有权和经营权分离的管理模式，政府通过委托管理等方式，逐步将公立医院移交医院管理机构自主经营管理，解除政府与公立医院之间的行政隶属关系。
2、医疗卫生监督管理体制：强化卫生监督管理
针对目前医疗卫生机构监督管理主体缺位的问题，新医改强化卫生行政部门对医疗卫生机构的监管。卫生行政部门加强对医疗卫生机构的准入和运行监管，强化强化对医疗卫生服务行为和质量监管，依法加强对食品安全保障、生活饮用水卫生监测、职业危害因素控制、医疗废弃物处置等公共卫生监管。
3、医疗价格形成机制：或设药事服务费
新医改方案要求非营利性医疗机构提供的基本医疗服务，实行政府指导价，其余由医疗机构自主定价。
此前备受关注的取消药品加成问题在新医改方案中也得到说明，政府举办的社区卫生机构实行药品零差率销售，药品收入不再作为社区卫生机构经费的补偿渠道。公立医院通过实行药品购销差别加价、设立药事服务费等方式逐步改革药品加成政策，药事服务费纳入基本医疗保险报销范围。
4、卫生人才保障机制：医院设非常设岗位
针对我市医疗卫生机构在编医护人员远远无法满足实际需求的现状，新医改方案提出医疗卫生机构分为常设和非常设两种，按国家标准核定的人员编制数用于聘用常设岗位人员，按工作量增加核定的人员数用于聘用临时工作人员。
5、卫生投入保障机制：基本医疗服务三方分担
新医改方案明确了政府在公共卫生和基本医疗服务中的主导地位。公共卫生服务主要通过政府筹资，向全市居民提供均等化服务。基本医疗服务由政府、社会和个人三方合理分担费用。非基本医疗服务由个人直接付费或通过商业健康保险支付。
6、公立医院管理体制：建法人治理结构
新医改方案提出以医院管理委员会为决策部门、以医院领导班子为执行部门，以职工(代表)大会、社会公众和行业监管为主要监督力量，建立公立医院法人治理结构，形成决策、执行、监督三者权责分明、协调配合、相互制约的管理体制。
7、社会资源办医运行机制：欢迎港澳台医师来深
新医改方案积极推动在cepa框架下香港与我市医疗卫生部门的交流与合作，鼓励台湾医疗机构与我市医疗机构合资合作兴办医院，欢迎获得大陆医师资格的港澳台医师来深执业。
8、风险防范与控制机制：建立医疗纠纷处理平台
新医改方案提出在人民调解工作机制的框架内，建立公益性的医疗纠纷处理平台；组织社会工作者参与医疗纠纷调解，形成医疗纠纷第三方调处机制。此外，鼓励医疗机构按照市场原则参加医疗责任保险，降低医疗机构的行业风险，用第三方付费机制来规范医疗纠纷的赔偿标准。
9、医疗器械采购机制：优先购买国内产品
新医改方案要求，政府举办的医疗卫生机构医疗器械实行统一申报，由市政府采购机构实行集中规模采购，而且必须优先购买国内产品。
10、信息系统创新机制：实现信息互联互通
新医改方案要求加快卫生信息化建设，以建立居民健康档案数据库为重点，以实施“居民健康卡”工程为突破口，建立区域卫生信息数据库，建设市级卫生信息共享平台，实现各类医疗卫生服务信息系统互联互通。
