《中华人民共和国劳动法》第四十七条规定：“用人单位根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。”第四十八条规定：“国家实行最低工资保障制度。”《最低工资规定》（劳动和社会保障部令第21号）第三条规定：“本规定所称最低工资标准，是指劳动者在法定工作时间或依法签订的劳动合同约定的工作时间内提供了正常劳动的前提下，用人单位依法应支付的最低劳动报酬。”
从上述条款可知，用人单位可以依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平，并与劳动者进行相应约定，但不得违反法律关于最低工资保障、加班费支付标准的规定。
但根据员工实际工作时间折算，即使按照当地最低工资标准认定员工法定标准工作时间工资，并以此为基数核算加班费，超过公司与员工约定工资，表明公司未依法足额支付员工加班费。这种包薪制度就是不合法的。
实行包薪制的用人单位应严格按照不低于最低工资标准支付劳动者法定标准工作时间的工资，同时按照国家关于加班费的有关法律规定足额支付加班费。
